tiistai 30. elokuuta 2011

Biopiirit.

Kuten aiemmin mainitsin, olen lukenut viimepäivinä Uri Alonin kirjaa "An Introduction to Systems Biology". Luulisin, että kirja on opettanut minulle evoluution luonteesta enemmän kuin monikaan populaariopus. Transkriptioverkkojen rakenne muistuttaa suuresti niitä malleja, joiden kanssa olen ollut tekemisissä muutenkin, ja niiden toimintalogiikka on verraten yksinkertaista.

Se, miksi tämä on avartanut ymmärrystäni evoluutiosta on, että mutaatioiden vaikutus juuri transkriptioverkon rakenteeseen on aivan keskeisessä asemassa. Verkon rakenteita tarkastelemalla käy myös ilmeiseksi, että tietyt monimutkaiset alirakenteet transkriptioverkoissa loistavat poissaolollaan. Erityisesti sellaiset ovat hyvin harvinaisia, joissa minkä tahansa yksittäisen kaaren poistaminen tekisi verkosta tarpeettoman. Juuri transkriptioverkkojen tilastolliset ominaisuudet ovat täydellisen murskaava todiste kaikenlaista "älykästä suunnittelua" vastaan. Koko aiheesta tietenkään ei ole mieltä varsinaisesti keskustella, koska keskusteleminen antaa ymmärtää, että olisi jotakin keskusteltavaa.

Kirja ei ole ehkä kaikkein lähestyttävin niille, jotka kammoavat jatkuvaa matematiikkaa ja differentiaaliyhtälöitä. Jos joku tietää vähän diskreetimmän (sic!) lähestymistavan omaavan opuksen, olisin kiinnostunut kuulemaan. Itseäni tämä lähestyminen ei paljoa haittaa, mitä vähän hidastaa (kaikki ovat lähinnä ODY:ja, melkein lineaarisiakin, joten tuttua kauraa), mutta matematiikkarajoitteisille se on märkä pyyhe kasvoille. Tämä on sääli, koska peruslogiikka olisi ilmaistavissa ilman ODY:ja, ihan logiikan ja viipeiden avulla.

Liikunta on muodostunut niin addiktioksi, että tänään -- kun edellisen treeni oli eilen aamulla -- tunsin jo puolen päivän aikaan pakottavaa tarvetta tehdä jotain. Pyrin kuitenkin pitämään kaksi lepopäivää viikossa, välttääkseni liikaharjoittelua. (En pidä termistä "ylikunto", koska se viittaa johonkin positiiviseen, kun kyseessä on oman kehon pahoinpitely)

3 kommenttia:

Valkea kirjoitti...

Nim. tiedemies: "Juuri transkriptioverkkojen tilastolliset ominaisuudet ovat täydellisen murskaava todiste kaikenlaista "älykästä suunnittelua" vastaan."

- Hiukan ihmettelen sitä, että lankeat aina niin helposti ateismin kanssa henkiseen itsetyydytykseen. Jos ateismi on niin vahvaa kuin väität sen olevan, sen pitäisi kestää ja hyväksyä tiettyä epävarmuutta ja puutteellista tietoa. Politisoitunutta tiedettä lukuunottamatta tiede ei tuota "täydellisen murskaavia todisteita". Esimerkinomaisesti minäkin lankean toiseen ääripäähän: "Satunnaisuudet "roska" Dna:ssa yleensä ja esim. retrovirusten satunnaiset Dna jäänteet siellä todistavat absoluuttisesti Jumalan suunnittelusta. Jumalahan johdattaa uskosta luopujia tahallaan harhaan. Siksi hänen Dna:han kohdistama suunnittelutyönsä on naamioitu satunnaisuuksilta näyttäviksi kokonaisuuksiksi. Vastaavasti elektronitykillä ammutut yksittäiset elektronit voivat osua kohtiin a, b, c, d, e, jne. Ei ole mitään keinoa selvittää milloin, mihin ja miten Jumala on vaikuttanut
näihin elektroneihin ja niiden lentoratoihin; tai toisaalta Dna mutaatioihin. Jumala ei halua ihmisten pystyvän tutkimaan itseään ja oman työnsä osuutta. Hän tiesi tiedemiesten ilmestymisen maapallolle etukäteen, joten Hän suunnitteli kaiken sellaiseksi, että tiedemiesten on mahdotonta todistaa suuntaan tai toiseen Jumalan olemassaoloa ja hänen työnsä vaikutuksia. Tämä on täydellisen murskaava todiste Jumalan olemassaolon ja järkevän suunnittelun puolesta."

Lähdetäänkö tämäntyyppisestä retoriikasta keskustelemaan?

Tiedemies kirjoitti...

Ymmärrät nyt ehkä väärin tämän argumenttini. ID on evidentialistinen oppi, jonka mukaan eliöt ovat liian monimutkaisia ja erityisesti monimuotoisia,ollakseen luonnonvalinnan tuotteita.

Tämä transkriptioverkkojen tarkastelu osoittaa, että käsitys on väärä. Se ei ole ateistinen väittämä.

Ari T kirjoitti...

En tiedä systeemibiologiasta mitään, mutta talous on myös spontaani järjestelmä, missä yksinkertaisella periaatteella rakentuu hyvin monimutkaisia järjestelmiä.

"ID on evidentialistinen oppi, jonka mukaan eliöt ovat liian monimutkaisia ja erityisesti monimuotoisia, ollakseen luonnonvalinnan tuotteita. "
Huvittavinta on, että jos ID:n kannattajille (jotka usein ovat oikeistofundamentalisteja), sanoisi, että talous on liian monimutkainen toimiakseen ilman keskusjohtoa, saisi hätääntyneitä katseita lähinnä ties minkä sosialistiagendan ajamisesta. Toisin sanoen ihmiset, jotka uskovat vapaisiin markkinoihin (jotka ovat ihmisten spontaanin toiminnan tulos), eivät samaan aikaan usko, että luonto ei pystyisi samaan kompleksisuuteen ilman keskussuunnittelua. Tietynlainen tekopyhyys paistaa tästä.

Onkos muuten systeemibiologian ja taloustieteen välillä tehty tutkimusta?

Ainakin EMH:stä taitaa olla joku adaptive-EMH, jossa on jotain evoluutioteoriasta otettuja oppeja.

Jos olisin taloustietelijä / filosofi olisin erittäin kiinnostunut yhtäläisyyksistä kompleksisuuden (P=NP), evoluution ja talouden laskenta-ongelman välillä. Näillä voisi olla paljonkin yhteistä.

Itseasiassa Marginal Revolutionissa mainittiin tutkimuksesta, jossa tutkittiin N=NP:n merkitystä filosofian kysymyksille.

Also, N=NP complexity & EMH