torstai 6. lokakuuta 2011

Paperi palaa.

Lehtiartikkelin viimeistely revisiota varten ei ole mennyt ihan ns. lapaan. Kuten aiemmin kirjoitin, artikkelin pääteoreemassa oli aukko, jonka paikkaamiseen meni liki kaksi viikkoa. Loppuosassa oli pari väittämää, jotka oli helppo todistaa alunperin, mutta kun aukko paikattiin toisaalla, päättely meni rikki, ja nyt täytyy työstää loppuosa kuntoon.

Tähän on mennyt taas pari viikkoa, ja puolen sivun todistus on turvonnut liki kaksisivuiseksi. Tässä kohtaa kyse on relaatioiden määritelmistä. Me tiedämme, että eräät menetelmät A ja B ovat sellaiset, että A on B:n erikoistapaus. A käyttää erästä relaatiota R. B käyttää erästä toista relaatiota T. Näiden relaatioiden määritelmät määräävät oikeastaan sen, miten menetelmät käyttäytyvät.

Viallinen todistus on siinä, että alun perin muutimme relaatiota T niin, että se korvattiin relaatiolla T', ja Tällöin B[T'] oli mukamas yhtäpitävä A[R] kanssa. Mutta koska aukko toisessa todistuksessa johtui puutteesta T:n määritelmässä, tämä väittämä ei enää pidä paikkaansa. Nyt pitää korvata myös R versiolla R' niin, että A[R'] ja B[T'] ovat yhtäpitäviä. Tässä on yllättäviä ongelmia.

10 kommenttia:

Tomi kirjoitti...

Olisitte päässyt helpommalla, jos raportti olisi ollut negatiivinen.

Tiedemies kirjoitti...

Toki, mutta tämä tulos on ei-triviaali, ja siinä on mielenkiintoinen osatulos, jonka relevanssin ymmärtää vasta kun ymmärtää käsitteet dynaamisesti.

Pelkään että tätä tulosta ei oikein ymmärretä, vaikka se on syvällinen ja oikeasti käytännöllinenkin. Suurin osa tätä juttua tutkivista on liian tyhmiä ymmärtämään, ja ne jotka eivät ole liian tyhmiä, eivät halua ymmärtää, koska ovat laittaneet tutkimusrahaa ja arvovaltaa huonompiin menetelmiin.

Ainoastaan hollantilaiset ymmärtävät, koska heillä on vahva prosessialgebran ja matematiikan kulttuuri. Ongelmana on se, että suurin osa hollantilaisista on jäävejä tässä, koska olemme jo konsultoineet niitä. Pahus.

Kari kirjoitti...

"Tämä on monimutkainen asia, kaikki eivät sitä välttämättä ymmärrä. Elämässä on paljon monimutkaisia asioita"

- Jyrki Katainen


Kari

Tiedemies kirjoitti...

Poliitikot keskimäärin eivät ole tyhmiä, mutta väittäisin että huomattavasti tyhmempiä kuin vaikka nyt formaalien menetelmien tutkijat. Väittäisin, ettei joku JLAP tai TCS käytä arvioijia, jotka ovat Kataista tyhmempiä.

Juha Kettunen kirjoitti...

Poliitikot keskimäärin eivät ole tyhmiä

Riippuu tietysti siitä, mihin vertaa. Minä väitän että ovat, mutta toisaalta väitän myös, että 95 % väestöstä keskimäärin on tyhmää.

Karin lainaukseen: poliitikkojen ykköskusetus tänä päivänä on juuri se, että he väittävät asioiden olevan niin monimutkaisia, etteivät tavalliset ihmiset niitä ymmärrä, ja että näihin asioihin tarvitaan ammattipoliitikot. Todellisuudessa asiat (siis nämä ammattipoliitikkojen asiat) ovat juuri niin yksinkertaisia, kuin miltä ne näyttävät.

Tomi kirjoitti...

TM, miksi alasi ihmiset eivät ymmärrä tulostanne? Eivätkö ole niin matemaattisesti orientoituneita?
Vai onko syynä se, että ajattelette erilailla alasta kuin muut?

Tomi kirjoitti...

Juha:"Riippuu tietysti siitä, mihin vertaa. Minä väitän että ovat, mutta toisaalta väitän myös, että 95 % väestöstä keskimäärin on tyhmää."

Hyvä ettet väitä, että 95% on keskimääräistä tyhmempiä.

Tiedemies kirjoitti...

Väitän, että tätä ei ymmärretä, koska ihmisillä ei ole aikaa perehtyä tähän. Olen kirjoittanut nyt kolme paperia, joista olen ainakin jossain vaiheessa saanut (joistain useammankin) arvion, jossa tätä osaa teoriasta selvästikään ei ymmärretä.

Taustalla on se, että on olemassa menetelmä, jota "kaikki" käyttävät, ja jossa on hyvin yksinkertainen teoria, mutta joka nyt vaan on vähän huono. Sitten on toinen, josta tiedetään, että se on vähän parempi.

Näissä kolmessa paperissa on ollut niin, että yksi käsitteli tätä vähän parempaa, ja siinä osoitettin, että se on tietyillä ehdoilla optimaalinen. Siinä oli malliteoreettinen argumentti, jota ei ymmärretty, mutta kun se lopulta ymmärrettiin, se julkaistiin, valittiin parhaaksi paperiksi konferenssissa, ja ilmestyy myös lehdessä vielä tänä vuonna tai ensi vuoden alussa.

Toinen paperi käsitteli taas parannusta siihen parempaan menetelmään, joka kiertää yllämainitun optimaalisuustuloksen, koska se ei aseta ratkaisuille erästä rajoitetta, josta optimaalisuus yllä riippuu. Tähän sain vastauksena, että se huonompi menetelmä on "riittävän hyvä" ja että jokainen yritys parantaa on turha. Olennaisesti siis arvioija sanoi, että "vähäx ootte niinq tyhmii ja dorkii ja ketä v**** kiinnostaa", ja editorin mielestä tämä oli rautainen asiantuntija.

Kolmas on tämä nykyinen paperi, jossa osoitamme erään kolmannen menetelmän ylivertaisuuden siihen paljon käytettyyn menetelmään nähden. Teoria on tiukka ja asiallinen, ja osoittaa tarkalleen ne muutokset, joita menetelmiin täytyisi tehdä, että ne tuottaisivat samat tulokset. Tässä kolme arviota on sanonut, että tulos on "epämielenkiintoinen", koska "oikeasti" menetelmiähän käytetään ihan eri asiaan. Siis vaikka paperin keskeinen viesti oli, että ne kelpaavat tarkalleen samoihin hommiin, paitsi että toinen on parempi.

antti kirjoitti...

Tiedemies, osaatko kertoa yleistajuisesti, mihin papereissasi kehittämiä teorioita voi käyttää?

Tiedemies kirjoitti...

Antti, ihan mihin vaan. :)

No ei vaan. Niitä käytetään siihen, että kun meillä on kuvaus jostakin prosessista, joka mallinnetaan sopivalla formalismilla -- tämä viimeisin pätee yhtä lailla Markovin päätösprosesseihin kuin LTS:iin -- niin ei tarvitse rakentaa koko mallia, riittää rakentaa osa, kun käyttää reduktiota.

Mula on nyt tässä edessä yksi paperi, jossa FGF-proteiinien (Fibroblast Growth Factor) signal pathwayn (en edes tiedä mikä se on suomeksi) malli on kuvattu kielellä, joka olennaisilta osin operationalisoituu Markovin ketjuksi. Tässä sanotaan, että kun mallissa olevien proteiinimolekyylien määrä on 10, niin lopputuloksessa on 1734021786861 (1.7*10^13) tilaa. Tätä tietty ei ole varmasti rakennettu eksplisiittisesti, koska tuollaista määrää muistia ei kenelläkään koneessaan ole, vaan siinä on takuulla ollut joku BDD tms esittämässä tilajoukkoa.

Symmetriareduktiolla määrä putoaa 40060020 tilaan, se menee jo eksplisiittisestikin. Haiskahtaa siltä, että tässä mallissa on paljon symmetrioita. No siis, tätä kommutatiivisuus/osittaisjärjestys- reduktiota (joista minun teoriassani on kyse) näissä ei ole, mutta on malleja, joissa mainitut reduktiot pudottavat mallin kasvun eksponentiaalisesta polynomiseksi. Joku triviaaliesimerkki taitaa olla ruokailevat filosofit, joissa se putoaa neliölliseksi.

Symmetriat (niistä en ole paljon tehnyt itse työtä, joten kehittyneempia teorioita siellä en tunne) tyypillisesti purevat redundanssin tuomaan kombinatoriseen räjähdykseen, osittaisjärjestys taas asynkronisen rinnakkaisuuden tuomaan permutaatioräjähdykseen (kun ei tiedetä missä järjestyksessä asiat tapahtuvat, täytyy tutkia kaikki).

Vastaakohan tämä yhtään?